Existe una variedad de instituciones gubernamentales y no gubernamentales y un cuerpo legal que trata de proteger la biodiversidad. Las legislaciones vigentes incluyen la Ley 19.300 de Bases Generales del Medio Ambiente, de reciente dictación, que intenta "prevenir el daño ambiental y conservar el Patrimonio Ambiental que está identificado por los componentes del medio ambiente"... que sean únicos, escasos o representativos.

El Decreto Supremo Nº 133 de Agricultura de 1992 (Diario Oficial del 9 de marzo de 1993), Reglamento de la Ley de Caza vigente, prohibe la aprehensión y matanza de todas las especies vertebradas, salvo aquellas que son exóticas. Se pueden mencionar asimismo otras normativas, como el Decreto Supremo Nº 268 de Agricultura de 1955 (Diario Oficial de 6 de mayo de 1955), que prohibe la caza de aves silvestres en el territorio, durante su nidificación; o la Ley de Pesca y Acuicultura Nº 18.892 (Diario Oficial del 23 de diciembre de 1989), que establece cuotas de captura y tallas mínimas de las especies a ser capturadas.

Existe también un sistema de Areas Silvestres Protegidas del Estado, que incluye el 18% de la superficie del país, y que se compone principalmente de Parques Nacionales, Reservas Nacionales y Monumentos Naturales. Sin embargo, a pesar de la gran Extensión que ello representa, quedan fuera de este sistema algunos ecosistemas y formaciones vegetacionales, especialmente de la zona centro del país, que son los que tienen la más alta biodiversidad y endemismo. La Corporación Nacional Forestal (Conaf) administra este Sistema Nacional de Areas Silvestres Protegidas (Snaspe). Sobre este sistema, debe destacarse que la Ley 19.300 sobre Bases Generales del Medio Ambiente, en su artículo 35, contempla la futura existencia de áreas silvestres de propiedad privada, para lo cual es necesaria la dictación de una reglamentación pertinente, aún pendiente.

Además, Chile cuenta con siete reservas de la biosfera, declaradas por la Organización de las Naciones Unidas para la Educación, la Ciencia y la Cultura, con el propósito de proteger la flora y fauna nativa de esos lugares.

A nivel internacional, Chile ha mostrado su apoyo a la preservación de la biodiversidad biológica por su firma de casi todos los acuerdos internacionales que tratan de la biodiversidad, tanto en lo terrestre como lo marino. Especial mención debe hacerse de la Convención sobre Diversidad Biológica, firmada por 156 naciones durante la Conferencia sobre Medio Ambiente y Desarrollo celebrada en Río de Janeiro en junio de 1992, y que en nuestro país es Ley de la República luego de haber sido aprobada por el Congreso Nacional en septiembre de 1994 (Diario Oficial del 6 de mayo de 1995). Esta Convención establece, entre sus principios fundamentales, el que los Estados tienen el derecho soberano de explotar sus recursos propios conforme a su política ambiental, con la obligación de asegurar que las actividades que se lleven a cabo dentro de su territorio no perjudiquen el medio de otro Estado o de zonas situadas fuera de su jurisdicción nacional (art. 3). Por otra parte, la Convención establece normas cuya finalidad es obtener de cada Estado el uso sustentable de sus recursos, compatible con el logro de los objetivos de conservación de la biodiversidad.

Existen varias organizaciones nacionales que, entre otra tareas ambientales, protegen la diversidad biológica del país. Como instituciones de gobierno existen las siguientes organizaciones: Comisión Nacional del Medio Ambiente (Conama), que en 1993 presentó un borrador del Plan de Acción Nacional para Proteger la Biodiversidad; el Comité Nacional de Investigaciones Científicas y Tecnológicas (Conicyt), que creó un subcomité de biodiversidad; el Servicio Nacional de Pesca (Sernap).

En cuanto a organizaciones no gubernamentales, hay que destacar el Comité de Defensa de la Flora y Fauna (Codeff), que tiene una larga trayectoria de trabajo en la protección de los bosques nativos, para conservar la flora y fauna endémica en Chile.